Il devient technicien (brevet de technicien supérieur d'optique), et vit avec son épouse sur Paris.
en , Claude Poher crée le GEPAN et
souhaite la collaboration d'un technicien en instrumentation optique pour développer le SimOVNI (il fera une thèse
sur cet appareil complexe), un appareil optique chargé de reproduire les caractéristiques descriptives et de
trajectoire du stimulus visuel observé par les témoins. Dubitatif après la lecture du livre à succès de de Frank Edwards s2Edwards, F. : Flying Saucers, Serious Business, Lyle Stuart, 1966,
Velasco décide tout de même de descendre à Toulouse et quitter l'instrumentation du futur satellite Spot
pour d'enquêter sur ces apparitions étranges qui défient la science
. en il y travaille
toujours, aux côtés d'Alain Esterle, nouveau directeur du groupe.
en , le GEPAN ne correspond plus à l'image que le CNES souhaite donner de ses services. Plutôt que de risquer une confrontation ouverte avec le public et les médias, traditionnellement assez attachés aux ovnis, les autorités choisissent la douceur. Après avoir subi de vives critiques, une réforme du groupe est menée.
Un jour, un physicien de renom, qui deviendra président du CNES, s'enferme avec Esterle dans son bureau. Lorsque Alain me demande de le rejoindre, après cet entretien, je le trouve livide. Sans ambages, il m'explique que son auguste visiteur lui à tout simplement "fortement conseillé" pour la "poursuite de sa carrière", d'en finir avec le GEPAN. Il n'a pas le choix. À cet instant, se joue doublement le sort du Service. Si Esterle s'en va, le bureau sera purement et simplement fermé, ce que souhaite visiblement son aimable visiteur (le CNRS et les militaires avaient clairement fait savoir qu'ils ne souhaitaient pas servir de tutelle). Mais Esterle n'entend pas passer par pertes et profits ces années de recueil d'information et de création de méthodologie. Il me pose la question : "Veux-tu me succéder ?" Je lui demande 24 h de réflexion. J'étais au GEPAN responsable d'enquêtes, je ne me sentais pas les épaules assez larges pour poursuivre le travail de mes 2 précédesseurs. Pourtant, la conviction scientifique que les PAN cachaient une réalité à découvrir m'a fait accepter le pari s3Velasco, J.-J. & Montigiani, Nicolas: Ovnis: l'évidence, Carnot / Les documents, 22/04/2004, ISBN 2-84855-054-6 - EAN : 9782848550541, p. 32.
À la fin de l'année, Vélasco est donc nommé directeur à la place d'Esterle. Il passe à l'occasion d'un grade de technicien à "ingénieur-maison".
Sous la direction de Velasco, le GEPAN, va tenir profil bas : qui entre en phase de sommeil : le Conseil Scientifique n'est plus convoqué, les Notes Techniques ne sont plus publiées, non plus que les résultats des recherches et des études. Velasco se livre seulement à quelques interviews dans les médias. Vélasco obtient une équivalence d'ingénieur, et affiche en cette occasion, et après avoir travaillé durant 2 ans au sein du GEPAN, une attitude plus ouverte à l'égard du phénomène ovni, insistant sur sa réalité et n'excluant pas l'hypothèse extraterrestre.
Au fil du temps, les cris d'alarme des ufologues hostiles au GEPAN se multiplient en France. Même le milieu scientifique manifeste de l'ostracisme : en , la revue Science et Nature conteste l'existence-même du GEPAN, vu les maigres résultats obtenus en 11 ans. Le CNES craint le scandale.
Le GEPAN disparaît donc en , mais Vélasco se retrouve à la tête de son successeur : le SEPRA, un nouveau groupe dont les activités ne sont pas jugées prioritaires par le CNES, et vont devenir plus réduites : selon sa plaquette de présentation, l'objectif du SEPRA n'est plus d'engager lui-même des études scientifiques, mais de prendre en compte le suivi des objets satellisés rentrant dans l'atmosphère. Les Notes Techniques sont arrêtées et il n'est plus dans ses attributions d'informer le public.
en Vélasco est élu maire de Montgiscard (Haute-Garonne). Une de ses communications de Vélasco, lors de la conférence tenue cette année-là par la SSE, indique que pas moins de 38 % des cas étudiés en France par le CNES n'ont pu être réduits à des phénomènes naturels.
en , suite à l'intervention de la SOBEPS et de députés européens belges après les observations en Belgique, la Commission de l'Energie européenne décide d'instruire le dossier et parvient à la conclusion qu'une étude européenne des ovnis pourrait être envisagée avec quelque intérêt. Velasco surfe sur la vague et se place en première ligne, de sorte que c'est tout naturellement un élargissement des compétences du SEPRA que proposent les députés européens chargés du dossier.
Quelques années plus tard, Vélasco collabore à un ouvrage avec Jean-Claude Bourret s4Velasco, J.-J. & Bourret, J.-C.: Ovnis, la science avance, Robert Laffont 1993, non pas en tant que représentant officiel du CNES, mais au titre de "témoin-enquêteur". On y trouve notamment une tentative de réduire l'affaire Ummo à une manipulation émanant de l'ex-Union Soviétique, et des déclarations très ouvertes de Velasco :
Parmi les nombreux phénomènes aériens non identifiés qui sont rapportés en France, mais aussi dans le monde entier depuis plus de 40 ans, la plupart peuvent être ramenés à des phénomènes naturels, plus ou moins bien connus, ou à des manifestations de la technologie humaine. Un nombre infime correspond à des canulars ou des hallucinations. Il reste un nombre important de cas non élucidés : parmi ceux-ci quelques-uns sont très surprenants. Les témoignages sont crédibles et les détails nombreux. Lorsqu'on essaie d'interpréter au moyen de la science actuelle leurs aspects étranges, on est parfois conduit à imaginer des objets réels, en fait des engins utilisant des techniques plus évoluées que les nôtres, supposant l'intervention d'intelligence.
Les explications sur l'origine de ces engins avaient jusqu'à une date récente fait appel au paranormal ou à la science-fiction, ce qui donnait aux ovnis une odeur de soufre et détournait de leur étude beaucoup de scientifiques. Deux astronomes, Jean-Claude Ribes et Guy Monnet, ont présenté en une hypothèse qui n'utilise que les données de la science d'aujourd'hui, une hypothèse rationnelle. Les ovnis proviendraient d'une ou de plusieurs civilisations actuellement implantées dans notre système solaire, dans des planètes creuses artificielles. Elles y seraient parvenues à des dates indéterminées, après un long voyage hors de leur système solaire.
(...) Mon opinion qui, je le souligne, n'engage que moi, est la suivante : il existe dans notre espace des objets qui échappent à tout contrôle de la part des autorités civiles et militaires et qui utilisent des technologies qui dépassent les nôtres.
en il n'est plus maire de Montgiscard.
De le , Vélasco présente ses travaux d'enquêteur sur les ovnis au symposium de Pocantico.
en Vélasco publie Ovnis, l'évidence, où il propose une corrélation du phénomène ovni avec l'activité nucléaire sur Terre et présente sans détours sa préférence pour l'HET. L'acte paraît courageux à nombre de tenants de cette hypothèse qui le soutiennent. Cependant, bien que faite en son nom personnel et non pas en tant que responsable du SEPRA au CNES, cette prise de position fait des vagues. On apprend peu après que, au début de l'année, une réorganisation du CNES a dissout le SEPRA, mais que Velasco continue à travailler sur le sujet, en tant que chargé de mission. Par la suite, l'enthousiasme d'une partie des supporters de Velasco s'émousse lorsqu'ils lisent dans une interview qu'il n'accorde pas grand crédit aux histoires d'abductions et aux implants.
À partir de en , Velasco rejoint le service "Culture Spatiale" du CNES s5Espace & Culture Infos n°7, juillet-août 2005.
en il sort un nouveau livre avec Nicolas Montigiani s6Velasco, J.-J. & Montigiani, Nicolas: Troubles dans le ciel, Presses du Châtelet, 24 janvier 2007.
s7Velasco, J.-J. : "Rapport sur l'analyse de traces physiques anormales : le cas ovni de Trans-en-Provence de 1981", JSE, vol. 4 (1990), n° 1, pp. 27-48. s8Velasco, J.-J. : "Lettre ouverte aux sceptiques", Sciences Frontières n° 29, mars 1998, pp. 16-22. s9Roussel, Robert : OVNI - Les vérités cachées de l'enquête officielle, Albin Michel 1994, ISBN 2-226-06646-2. s10Dreux, Jérémie : "L'interview exclusive de Jean-Jacques Velasco", JDU, Toulouse, 11 juin 2004. s11Rencontre avec Claude Poher, "La Vague d'OVNIs" - Radio Ici & Maintenant !, 7 septembre 2004. s12Gutierez, G. : "C'est officiel : le SEPRA n'existe plus !", Ovniland, 2004. s13Gutierez, Grégory : "Le CNES enterre les ovnis", Ovniland, 2004. s14Gutierez, G. : "Les ovnis embarrassent toujours le CNES", Ovniland, 2004. s15Gutierez, G : "Jean-Jacques Velasco s'exprime enfin !", Ovniland, 2004. s16François, Jean-Michel, "Ovnis : les révélations de l'ingénieur Velasco", L'Union de Reims, 16 octobre 2005.