Fils de Luis Elizondo III n1un exilé cubain s'étant porté volontaire pour intégrer la brigade 2506, un groupe soutenu par la CIA pour renverser Fidel Castro à Cuba en , et qui débouchera sur l'invasion de la Baie des Cochons. Il fait des études de microbiologie, immunologie et parasitologie. Il mène des recherches sur des maladies tropicales.
Il fait carrière en tant qu'officier de renseignement dans l'US Army, le DoD, le National Counterintelligence Executive et le Directeur du Renseignement National. En tant Agent Spécial En-Charge, il mène et supervise des enquêtes liées à l'espionnage et au terrorisme dans le monde entier. En tant que Case Officer de renseignement, il mène des opérations de source clandestine dans toute l'Amérique Latine et le Moyen-Orient. Suite aux attentats du 11 septembre 2001, il participera notamment au programme RDI des HVDs à Guantanamo, ce qui lui vaudra de faire l'object d'un mandat d'arrêt de la CIJ.
Par la suite, Elizondo est responsable de la sécurité de certains portefeuilles sensibles pour le Gouvernement US comme Director for the National Programs Special Management Staff.
en , deux personnes frappent à la porte de son bureau, pour lui poser des questions. Ils se revoient plusieurs fois, jusqu'à lui proposer de travailler sur l'AATIP, au 5ᵉ étage de l'aile C du Pentagone, sous la direction du responsable du programme de l'époque. en , lorsque ce responsable quitte son poste, on propose à Elizondo de prendre sa place, ce qu'il accepte s1Cooper, Helene & Blumenthal, Ralph & Kean, Leslie : "Glowing Auras and ‘Black Money’: The Pentagon’s Mysterious U.F.O. Program", The New York Times, 2017-12-16.
Cette période sera par la suite officiellement critiquée sur plusieurs aspects :
en , il devient Directeur de la Sécurité Globale et des Programmes Spéciaux de TTS Academy :
L'effort le plus intéressant dans lequel j'ai été impliqué a de loin été sur le sujet des menaces aériennes avancées. Pendant presque toute la dernière décennie, j'ai dirigé un programme sensible d'identification des menaces aérospatiales, focalisé sur la technologie aérienne non-identifiée. C'est à ce poste que j'ai appris que les phénomènes sont effectivements réels. Et aujourd'hui comme membre de la To the Stars Academy, nous allons mettre ces observations à votre disposition.
Elizondo est aussi un inventeur détenant plusieurs brevets.
en , Elizondo publie un livre s2Luis Elizondo : Imminent, Kings Road Publishing, mardi 20 août 2024 où il
indique avoir été qualifié de tsar américain de la torture
par l'avocat d'un des suspects du 11 septembre.