François René Jean Lucien Bayrou naît en mai en à Bordères (Pyrénées-Atlantiques), fils de Calixte Bayrou (propriétaire agriculteur, maire MRP du village) et d'Emma Sarthou (originaire de la commune voisine de Serres-Morlaàs).
en il obtient son baccalauréat, puis entame des études dans une classe préparatoire littéraire (hypokhâgne et khâgne) et à l'Université Bordeaux 3. en il se marie avec Élisabeth Perlant n1dite "Babette", ils ont ensemble 6 enfants : Hélène, Marie, Dominique, Calixte (travaillant actuellement à l'Université de Liège en Belgique), Agnès, André, et quinze petits-enfants. en il obtient l'agrégation de lettres classiques à 23 ans, et perd son père qui meurt d'un accident la même année. Il devient enseignant en école publique, tout en aidant sa mère à gérer l'exploitation. Catholique pratiquant, il n'en est pas moins laïc convaincu. Il réussit à vaincre son bégaiement. Il est proche des mouvements non-violents, notamment de la communauté de Lanza del Vasto.
en il est élu conseiller général, puis le député UDF de son département des Pyrénées-Atlantiques.
Rédacteur en chef de Démocratie moderne, le journal du CDS, il devient en 1991 secrétaire général de l'UDF en tant que représentant de son parti, le CDS, qui est l'une des principales composantes de cette fédération de partis de droite non gaulliste qu'est l'UDF.
en , il est nommé Ministre de l'Éducation Nationale dans le gouvernement de cohabitation d'Édouard Balladur.
Un temps vice-président du CDS (en ), il en est élu président en en . Au congrès de Lyon en , il fusionne ce parti avec le Parti social-démocrate, parti de tradition laïque également adhérent de l'UDF n2comptant dans ses membres André Santini notamment, créant ainsi FD.
Cette année-là, il soutient la candidature du chef de son gouvernement (Balladur) à la présidentielle. A la victoire de Jacques Chirac, le gouvernement d'Alain Juppé lui réattribue néanmoins son Ministère, élargi à l'Enseignement Supérieur, la Recherche et la Formation Professionnelle. Lors du 2ᵉ gouvernement Juppé, la Formation Professionnelle ne lui est plus dévolue. Il conduit une réforme du collège, réforme les études supérieures n3semestrialisation des études, semestre d'orientation en première année, création d’universités de professionnalisation technologique, met en place le baccalauréat actuel n4filières S, ES, L, STT, STL et STI, introduit les langues vivantes à l’école primaire, jusqu'à la dissolution de en .
en il est élu à la tête de l'UDF malgré l'opposition de DL. Après les élections régionales de cette année-là, Alain Madelin et d'autres leaders de DL approuvent les présidents de région réélus grâce au soutien des élus FN, alors que Bayrou rejette toute alliance avec l'extrême-droite. DL quitte alors l'UDF, dont les autres composantes fusionnent la même année pour créer un parti unifié, la Nouvelle UDF.
Lors des élections européennes de juin en , Bayrou conduit la liste UDF qui recueille 9,28 % des voix ; il tient — contrairement à ses concurrents têtes de liste François Hollande et Nicolas Sarkozy — son engagement de siéger à Strasbourg et entre donc au Parlement européen, dont sa 2nde de liste Nicole Fontaine obtient la présidence.
A la présidentielle de en , il se présente comme candidat de l'UDF, arrivant en 4ème position du 1er tour, avec 6,84 % des voix, derrière Lionel Jospin. Il appelle Chirac, opposé au 2nd tour à Jean-Marie Le Pen, à constituer une large coalition à partir de sa majorité de 2nd tour. Le président sortant tente au contraire, avec Alain Juppé, de fusionner la droite et le centre dans un unique parti, l'UMP. La majorité des parlementaires UDF, emmenés par Philippe Douste-Blazy, quittent alors l'UDF pour l'UMP. Cependant, 30 députés UDF et apparentés sont élus aux élections législatives de juin et constituent un groupe parlementaire pour la 12ᵉ législature (2002-2007). Parmi eux, Bayrou qui revient à l'Assemblée nationale, élu dans la 2ᵉ circonscription des Pyrénées-Atlantiques, et quitte donc le Parlement européen (remplacé par Jean-Thomas Nordmann).
Au Parlement européen élu en , l'UDF quitte le groupe parlementaire de droite du Parti Populaire Européen auquel appartient l'UMP, pour rejoindre, avec ses alliés du Parti Démocrate Européen, le groupe de l'Alliance des démocrates et des libéraux pour l'Europe.
A partir de en il s'oppose encore plus à la politique du gouvernement de Dominique de Villepin,
sur son contenu et sur ses modalités — en particulier le mépris dans lequel est, selon lui, tenu le Parlement
n5sur l'adhésion de la Turquie à l'Union européenne, la privatisation des autoroutes, l'instauration par ordonnance du CNE, etc..
Sa ligne politique est contestée Gilles de Robien (alors ministre UDF de
l'Éducation Nationale, favorable à une alliance avec l'UMP). D'ailleurs de
Robien demande fin en que les militants soient appelés à se prononcer : la motion de défense d'une
UDF libre et indépendante
présentée par Bayrou est approuvée à 92 % au
Congrès de Lyon de en .
A partir de en , plusieurs candidats potentiels se rallient à sa candidature : Christian Chavrier (président du Parti fédéraliste), puis en Corinne Lepage (présidente du parti écologiste Cap 21) ; le Édouard Fillias (Alternative libérale) ; le , Antoine Waechter (président du Mouvement écologiste indépendant). Egalement Nicolas Miguet. Egalement des personnalités non membres de l'UDF comme Jean-Marie Cavada (ancien journaliste et député européen élu sur une liste UDF) ; Azouz Begag (ministre du gouvernement Villepin délégué à la promotion de l’égalité des chances) et François Goulard, (ministre du gouvernement Villepin délégué à l'enseignement supérieur).
Le 13, un peu plus d'une semaine avant le 1er tour, Michel Rocard, dont des proches
avaient déjà appelé à voter Bayrou (collectifs Spartacus et les Gracques) demande une alliance
entre l'UDF, le PS et les Verts. Il est
suivi, le 13 par Bernard Kouchner, puis par Claude Allègre
et Daniel Cohn-Bendit. François Hollande, 1er secrétaire du Parti socialiste, estime
la proposition inconcevable et Ségolène Royal la juge baroque
tandis que Dominique Strauss-Kahn précise qu'il ne serait premier ministre qu'en
cas de majorité socialiste.
Le 22, Bayrou obtient 18,57 % au 1er tour, le plaçant en 3ᵉ position, derrière Royal (25,87 %) et Sarkozy (31,18 %).
Le 25 avril, Bayrou annonce la naissance d'un "Parti démocrate", qui sera rapidement remplacé par le MoDem, dont la création est décidée le 10 mai au conseil national de l'UDF (création officielle en décembre). Ce nouveau mouvement se revendique clairement comme un parti d'opposition au pouvoir du nouveau président Sarkozy et fait valoir ce positionnement pour les élections législatives de juin. Nombre de députés UDF sortants réprouvent cette nouvelle stratégie et se rapprochent alors de la majorité présidentielle. Rassemblés par le nouveau Ministre de la Défense Hervé Morin (ancien président du groupe UDF à l'Assemblée), ils fondent le Nouveau Centre, qui se réclame du centre-droit et de la tradition de l'UDF. Bayrou, réélu député des Pyrénées-Atlantiques, voit alors l'essentiel de ses anciens compagnons le quitter pour le Nouveau Centre : seuls 3 autres députés sortants se présentent sous l'étiquette UDF-MoDem, mais 2 d'entre eux (Gilles Artigues et Anne-Marie Comparini) sont battus. Jean Lassalle est réélu à l'issue de la seule triangulaire du pays, et le MoDem compte également un nouvel élu à Mayotte (Abdoulatifou Aly).
Lors des élections européennes de en , Bayrou fait notamment campagne contre les orientations de
José Manuel Barroso, qu'il considère à la solde de l'Amérique
.