Anderson naît le à Carlinville (Illinois).
Capitaine dirigeant l'ONI en , Anderson donne au code brisé de "Purple" le nom de code "Magic." C'est un intitulé étrange à l'époque, une référence à la fois à l'incroyable virtuosité des crypto-analystes et au goût du secret et de l'occulte dans lequel baigne la cryptographie depuis le Moyen-âge. Les messages japonais, une fois déchiffrés, étaient appelés "magics", avec un "m" minuscule. Les personnes ayant accès aux messages "Purple" sont appelés "Ultras". Parce que savoir que le code Bei Gwa avait été brisé était une information particulièrement sensible, "Magic" devient également un niveau de classification, plus élevé que Top Secret. L'avantage de la lecture des messages japonais aurait été perdu si les Japonais avaient appris que le Bei Gwa était compromis.
Début en , Anderson est détaché comme Directeur du Renseignement Naval. Suite à l'attaque de Pearl Harbor le , le vice-amiral Anderson est promu le par Roosevelt contre-amiral de la Flotte de Vaisseaux de Guerre du pacifique (Battleships Battle Force, puis Battleships Pacific Fleet), pourtant peu populaire (il était l'un des rares à ne pas être sur son navire USS Maryland le jour de l'attaque, ce qui a levé des suspicions à son égard). Il le restera jusqu'au le .
le , le général George C. Marshall aurait envoyé un second memo Top-Secret au président, indiquant :
Comme indiqué dans le memorandum pour vous du 26 février concernant le raid aérien au-dessus de Los Angeles
il a été appris par le G2 de l'Armée que le contre-amiral Anderson (...) a récupéré un avion non-identifié au large de la côte de Californie (...) sans indication d'une explication conventionnelle (...) Cet état-major en est arrivé à la détermination que les avions mystérieux ne sont en fait pas terrestres et d'après des sources de renseignement secrètes, ils sont selon toute probabilité d'origine interplanétaire. (...) En conséquence j'ai donné des ordres à G2 de l'Armée pour qu'une unité spéciale de renseignement soit créée pour enquêter plus avant sur le phénomène et rapporter tout lien significatif entre les incidents récents et ceux collectés par le directeur de la Coordination de l'Information.
Le mémo porte des numéros de document correct de l'OCS et comporte la mention "Interplanetary Phenomenon Unit" (IPU) imprimée dessus plus tard par une machine à écrire différente. Il semble donc que ce soit cet ordre qui crée l'IPU s1[Majestic].
De en , Anderson est président du Comité d'Inspection et d'Etude, dont le but est de s'assurer que la Navy dispose de navires correctement équipés pour des missions rapides, fiables et prolongées en mer.
Du le , il est vice-amiral du 7ème district naval (Seventh Naval District) dans le Golfe.